| Thứ tự | Giám đốc/ Hiệu trưởng | Thời gian | Chức vụ cao nhất |
|---|---|---|---|
| 1 | Trần Đại Nghĩa | 1956 | Thiếu tướng, Thứ trưởng Bộ Công thương, Cục trưởng Cục Quân giới, Chủ nhiệm Ủy ban Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam |
| 2 | Tạ Quang Bửu | 1956–1960 | Bộ trưởng Bộ Quốc Phòng, Bộ trưởng Bộ Đại học và Trung học chuyên nghiệp |
| 3 | Hoàng Xuân Tuỳ | 1961–1966 | Thứ trưởng Bộ đại học và Trung học chuyên nghiệp |
| 4 | Phạm Đồng Điện | 07/1966–03/1980 | Hiệu trưởng Trường Đại học Bách khoa Hà Nội |
| 5 | Hà Học Trạc | 03/1980–12/1989 | Chủ tịch Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam, Chủ tịch Hội đồng Quốc gia chỉ đạo biên soạn Từ điển bách khoa Việt Nam |
| 6 | Hoàng Trọng Yêm | 12/1989–10/1994 | Hiệu trưởng Trường Đại học Bách khoa Hà Nội |
| 7 | Nguyễn Minh Hiển | 10/1994–04/1997 | Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo |
| 8 | Hoàng Văn Phong | 05/1997–11/2002 | Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ |
| 9 | Trần Quốc Thắng | 12/2002–11/2004 | Thứ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ |
| 10 | Hoàng Bá Chư | 12/2004–06/2008 | Hiệu trưởng Trường Đại học Bách khoa Hà Nội |
| 11 | Nguyễn Trọng Giảng | 06/2008–10/2014 | Hiệu trưởng Trường Đại học Bách khoa Hà Nội |
| 12 | Hoàng Minh Sơn | 07/2015–08/2020 | Thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo, Chủ tịch Hội đồng Trường Đại học Bách Khoa Hà Nội |
| 13 | Huỳnh Quyết Thắng | 09/2020 - 12/2022 01/2023 - nay |
Hiệu trưởng Trường Đại học Bách khoa Hà Nội Giám đốc Đại học Bách khoa Hà Nội |