Trường ĐHBK Hà Nội đã có sự chuyển hướng mạnh mẽ và dần dần thích nghi với tình hình mới. Trước hết, bám sát định hướng chiến lược phát triển KHCN của đất nước trong sự nghiệp CNH - HĐH và mục tiêu đào tạo của Trường đồng thời luôn bám sát nhu cầu của thị trường. Nội dung và hình thức hoạt động KHCN ngày càng được mở rộng và phong phú nhằm phát huy thế mạnh của một trường đại học kỹ thuật đầu ngành. Nhà trường đã không ngừng khai thác tiềm năng của đội ngũ cán bộ KHKT đông đảo, khá đồng bộ, đa ngành và liên ngành; khai thác cơ sở vật chất – kỹ thuật của Trường cũng như tăng cường mở rộng các mối quan hệ hợp tác trong và ngoài nước để tạo điều kiện thực hiện tốt nhiệm vụ NCKH–CGCN. Trong giai đoạn 2002-2006, Trường đã chủ trì và tham gia 292 đề tài NCKH cấp Nhà nước, 499 đề tài cấp Bộ, 480 đề tài cấp Trường, 31 dự án sản xuất thử với tổng kinh phí 99,228 tỷ đồng. Trong 5 năm gần đây CBVC Nhà trường đã được trao tặng 1 giải thưởng Hồ Chí Minh, 9 giải thưởng VIFOTEC, 4 giải thưởng KHKT toàn quốc, 2 giải thưởng WIPO, 3 giải thưởng công nghệ vì Môi trường, 11 Huy chương Vàng Techmart 2003,....
Trường ĐHBK Hà Nội cũng là một trong những cơ sở đầu tiên của ngành đại học phát động phong trào NCKH trong sinh viên. Phong trào này đã trở thành hoạt động truyền thống của tuổi trẻ Bách Khoa Hà Nội từ nhiều năm nay. Trong 5 năm 2002-2006, sinh viên Bách Khoa đã đoạt 122 giải thưởng cấp Bộ, 303 giải thưởng cấp Trường; có 34 công trình được giải thưởng VIFOTEC. Đặc biệt, năm 2003, 2005 sinh viên Bách Khoa đã đoạt ngôi Vô địch cuộc thi sáng tạo Robocon Việt Nam.
Hoạt động khoa học và chuyển giao công nghệ của ĐHBK Hà Nội trong những năm đổi mới đã có bước phát triển đáng kể, mang lại hiệu quả nhiều mặt cho Trường và góp phần tích cực vào công cuộc xây dựng kinh tế - xã hội, đẩy mạnh CNH-HĐH đất nước.
